澳门威利斯人郑杰课题组获得国际计算生物医药领域DREAM 2019分项挑战赛季军

发布者:闻天明发布时间:2019-12-30浏览次数:11

近日,由澳门威利斯人智能医学信息研究中心主任郑杰教授引导,2019级硕士研究生戴昕男、汪洁,2020级准研究生(保送生)徐凡,以及英国曼彻斯特大学Piyush Mundra博士(曾任郑杰教授的博士后研究员)组成的SingleCellLand队,在2019届DREAM挑战赛第一个分项挑战中荣获第三名。

DREAM Challenge是目前国际计算生物医药领域最具影响力的算法挑战赛之一。该挑战赛始于2006年,已连续举办12届。作为开放数据建模竞赛,每届DREAM竞赛设计不同的生物医疗相关的任务主题,并提供开放测试数据,由参赛队进行建模和算法设计,由组织方进行验证并根据预测结果决定优胜者。

本届挑战赛有来自全球的291支包括国内外众多高校与企业的队伍参赛。上科大郑杰课题组首次参赛即在第一个分项挑战中获得第三名的好成绩,其中第一名所属的碳云智能企业是国内知名的智能医疗独角兽企业,第二名来自美国内华达大学。郑杰课题组的研究重点是开发应用数据科学、人工智能、认知计算等前沿技术,在生物信息学、健康医疗大数据等领域研发新算法,解答生物医药方面的问题,提高公众健康水平。

本次DREAM挑战赛主题是Single Cell Signaling in Breast Cancer。参赛队伍需要根据组织者提供的药物反应单细胞数据,考虑细胞间异质性对药物反应的影响,对缺失数据进行填补,从而预测乳腺癌细胞在特定药物作用下的反应。

在本次比赛中,队员面对的一大挑战是需要兼有生物学与信息学的常识。SingleCellLand队充分发挥信息学院学科交叉的优势,将新颖且合适的机器学习算法应用到单细胞药物反应预测中。参赛队员戴昕男和汪洁表示此前在跨学科课程《人工智能在科学与工程学的应用》与《生物信息学:App开发与应用》课程(均由郑杰教授组织开设)中获得的计算机科学和生命科学结合的训练,为本次DREAM挑战赛提供了常识和经验基础。此外,免疫化学所的蒋立春老师也为参赛队在生物学背景常识方面进行了答疑。

健康医疗大数据应用的发展已被纳入国家大数据战略布局,医疗大数据成为国家重要的基础性战略资源。如何应用AI等前沿信息技术对医疗大数据进行挖掘,是国内外众多研究机构的研究热点。通过此次参赛,郑杰课题组展示了对生物医学数据进行建模和精准预测的出色能力,参赛学生在信息科学和生命科学的交叉领域进行了一次实践,与国内外参赛队伍切磋交流,体会了学以致用,开拓了视野。

上科大SingleCellLand团队合影(从左到右:徐凡,汪洁,戴昕男,郑杰)


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